Statut Polskiego Towarzystwa Biochemicznego przewiduje tworzenie Oddziałów Terenowych, Sekcji Specjalistycznych, Komisji Zadaniowych oraz Grup Roboczych

Aktualnie istnieje 13 Oddziałów Terenowych a mianowicie: Białostocki, Gdański, Katowicki, Krakowski, Lubelski, Łódzki, Olsztyński, Poznański, Rzeszowski, Szczeciński, Toruński, Warszawski i Wrocławski

Istnieje również 8 Sekcji Specjalistycznych: Sekcja Kwasów Nukleinowych, Sekcja Biotechnologii, Sekcja Bioenergetyki, Sekcja Tkanki Łącznej, Sekcja Glikokoniugantów, Sekcja Dydaktyki Biochemii, Sekcja Starzenia i Śmierci Komórki i Sekcja Molekularnych Mechanizmów Ruchliwości