Z przyjemnością informuję, że otworzyliśmy nabór do Programu BioLAB 2025-26!

I. Program BioLAB – podstawowe informacje

Program BioLAB umożliwia odbycie rocznego stażu badawczego w laboratorium znajdującym się w jednej z czterech poniższych instytucji w USA studentom i studentkom studiów magisterskich oraz doktoranckich nauk biologiczno-chemicznych i medycznych:

• University of Virginia, Charlottesville

• University of Chicago, Chicago

• University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas

• Oklahoma Medical Research Foundation, Oklahoma City  

Podczas stażu studenci i studentki prowadzą samodzielne badania w nowoczesnych laboratoriach, których wyniki często są publikowane w recenzowanych czasopismach naukowych. Oprócz tego biorą aktywny udział w życiu amerykańskiej uczelni, uczestniczą w seminariach, wykładach gościnnych oraz poznają amerykańską kulturę. W niektórych przypadkach mają również możliwość wykorzystania wyników badań do pracy magisterskiej/doktorskiej w uczelni macierzystej.

Program jest dedykowany zarówno studentom i studentkom posiadającym polskie obywatelstwo jak również studentom i studentkom międzynarodowym, którzy ukończyli studia I stopnia w polskiej uczelni. 

Więcej informacji znajdą Państwo na stronie internetowej Programu BioLAB: WERSJA PL –https://fulbright.edu.pl/biolab/, WERSJA EN – https://fulbright.edu.pl/biolab-program/.

II. Spotkania informacyjne

W trakcie trwania naboru odbędą się spotkania stacjonarne z założycielem Programu – prof. Zygmuntem Derewendą (University of Virginia) oraz gośćmi - prof. Agnieszka Urban-Świątecka (University of Virginia), prof. Łukasz Joachimiak (UT Southwestern Medical Center) oraz dr hab. Paweł Stączek (Uniwersytet Łódzki) w różnych miejscach w Polsce. Dodatkowo planujemy spotkania online, w których udział weźmie Kierowniczka Programu Patrycja Donaburska oraz stypendyści:stki obecnie biorący udział w Programie. Wszystkie informacje o spotkaniach są na bieżąco uaktualniane na podlinkowanej stronie internetowej. 

III. Prośba o pomoc w promocji programu

Będzie nam niezmiernie miło, jeśli podzielą się Państwo informacją o naborze na swoich stronach lub social mediach. Zależy nam na dotarciu do studentek oraz studentów studiów magisterskich oraz doktoranckich nauk biologiczno-chemicznych, biofizycznych, medycznych oraz pokrewnych. 

IV. Gotowe materiały promocyjne do udostępnienia

TUTAJ przesyłam zaś materiały promocyjne – notki informacyjne, grafiki, gotowe posty do publikacji w social mediach oraz plakaty promujące spotkania informacyjne - na bieżąco aktualizowane. W związku z tym, że program jest kierowany zarówno do osób z Polski, jak i studentów i studentek międzynarodowych, notkę promocyjną znajdą Państwo również w języku angielskim.

Jeśli chcieliby Państwo udostępnić post Komisji na temat Programu BioLAB w swoich social mediach tutaj przesyłam linki do nich: Facebook, Instagram oraz LinkedIn.

Pytania dotyczące uczestnictwa w programie proszę kierować bezpośrednio do mnie, na adres: patrycja.donaburska@fulbright.edu.pl.

Z góry dziękuję i pozdrawiam!

Szanowni Państwo,

Z przyjemnością informuję, że otworzyliśmy nabór do Programu BioLAB 2023-24

Main supervisor: Kristoffer Sahlin (ksahlin@math.su.se) Overview We see a rapid increase in generated DNA and RNA sequencing data with recent sequencing technology developments. As DNA and RNA datasets and databases grow, computational algorithms to index and search the datasets need to improve not o become a bottleneck. Recently, several novel methods for sequence similarity searches in such datasets have been proposed. One such method is strobemers [1], which can be used for general-purpose text similarity matching. Strobemers was published at a proof-of-concept level [1] and has shown to be a very efficient method to use in foundational algorithms in bioinformatics such as read alignment [2]. Strobemers is a seeding technique conceptually different from previous approaches and has opened up several new directions to study this class of indexing methods further. At a high level, a strobemer is a gapped seed formed from n linked substrings of length k (k-mers) that occurs close by in the text (within a distance [w_min, w_max]). Strobemers are specified by four parameters (n, k, w_min, w_max), together with a hash function that determines which k-mers to link. 1. Sahlin, Effective sequence similarity detection with strobemers, Genome Res. November 2021 31:2080-2094; doi:10.1101/gr.275648.121. 2. Sahlin, Flexible seed size enables ultra-fast and accurate read alignment 2022, bioRxiv; doi:https://doi.org/10.1101/2021.06.18.449070.

Project 1: Exploring representations and parametrizations of strobemers for sequence similarity searches In this project, we aim to study further the properties of strobemers, such as (i) optimal parameters for various sequence diversity levels (ii) which hash methods are best for efficient pseudo-random generation of strobes (iii) alternate strobemer representations (as fuzzy seed or linked k-mers) and which is best for various applications (iv) exploration of alternative constructions.

Project 2: Algorithms for efficient biological sequence similarity searches This project aims to utilize and adapt strobemers for sequence similarity search in various bioinformatics algorithms. There are several avenues to explore, such as long-read mapping, genome assembly, and sequence clustering. Compared to project 1, this project is more focused on end-to-end algorithm development and will use several additional computational techniques.

_________________________________________________

Main supervisor: Marc Hellmuth (marc.hellmuth@math.su.se) Co-supervisor: Lars Arvestad (arve@math.su.se) Project: Computational and mathematical studies of ancient DNA In this PhD project, you will develop mathematical and computational tools for the study of ancient DNA. The project is conducted in collaboration with Anders Götherström (Dept of Archaeology) and Love Dalén (Dept of Zoology and the Swedish Museum of Natural History), who founded Center for Palaeogenetics at Stockholm University. Computation and data availability has changed biology and medicin, and enabled entirely new scientific questions to be asked. In palaeogenomics, the quality of DNA is fairly low which causes extra challenges for analysis, because the standard tools are not constructed for low-quality data and the specific data characteristics of ancient DNA. We are looking for candidates with a strong background in Bioinformatics, Mathematics, Statistics, and Computer Science. The work will include programming, practical data analysis, as well as theoretical analysis.